@sandrobtc Você usa qual arquitetura? (Rpi0,1,2,3, PC 32bit, 64 bits)
Qual a versão do seu Recalbox? ("A última" não serve como resposta, descubra a versão)
Já verificou se os controles são compatíveis com o Recalbox?
Segue link da lista de compatibilidade:
https://github.com/recalbox/recalbox-os/wiki/Compatibility-(EN)
Acredito que você esteja no Rpi3, mas você não deixou claro todas as informações acima, então o que posso sugerir:
Fazer um Backup da sua imagem atual
Formatar o cartão, baixar a última versão do Recalbox (18.07.13), instalar a imagem limpa, deixar ela só com as ROMS que já vem no Recalbox (você fala que já formatou, mas não disse se fez uma nova instalação limpa)
Configurar um controle (recomendo que seja o USB) primeiro, no EmulationStation (você fala que configura, mas não deixa claro se é no ES ou no Retroarch)
Testar se com a imagem limpa algum dos controles funciona
Se não funcionar, testar o controle em outro dispositivo, por exemplo, no computador, para garantir que o problema não é o controle em si.
Se funcionar com uma instalação limpa atualizada, sem nada, provavelmente você editou alguma configuração sem querer, e quando reinstala e "instala" o backup, o arquivo de configuração está sendo copiado junto e mantendo o problema.
