Gracias!! , la volvi a copiar del respaldo que tenia de recalbox 4.0 esta vez colocando "reemplazar" en vez de "fusionar", que es lo que había hecho. Solucionado
Saludos!

@gonza128 el primer mensaje de la version beta dice explicitamente que no se debe actualizar esa version. Tendras que reinstalar.

@pedrojavier82 ¡Hola!
No sé lo que está pasando con usted específicamente, pero creo que debe ser más fácil hacer copias de seguridad de sus ROMS y sus saves, formatear la tarjeta de memoria, y rehacer la instalación, con la última versión de Recalbox. Muchas veces esto termina siendo más rápido que estar buscando el motivo del problema ...

Efectivamente con la instalación limpia se solucionó, gracias!

@santiago-castillo-elias we just released a new version, so we progressively allow recalbox to update. Not all at once :)

Bueno, pues me respondo yo mismo, porque he encontrado una solución. Lo pongo por si a alguien más le pasa este problema.
Resulta que el DiskInternals no leía bien la partición recalbox/share, así que lo que he hecho es arrancar el ordenador con un sistema Linux con un Live CD (en este caso Ubuntu) y al meter la tarjeta me la reconoció a la primera y ahí estaban todos los archivos. Así que pude hacer una copia en otro disco externo y ya puedo formatear y reinstalar Recalbox sin problema.

Tienes la microSD petada, rebaja un poco los GB, actualiza y vuelve a meter lo quitado.

@carlos ypu can't upgrade from 4.0 to 4.1 or later.

Gracias, tenia el mismo problema.

Solucionado, he reinstalado y perdido todo. Vuelve a salir que la actualización está disponible pero ya instalé la más reciente que hay.

@aron-monroy-caton ya te respondieron aqui, por favor no abras hilos en diferentes idiomas la proxima vez.

https://forum.recalbox.com/topic/10366/4-1-error-updating/

Y por favor, nunca cortes la instalacion... espera que termine!

He conseguido solucionarlo. No con samba que no se sinceramente ni lo que es, sino con el propio universal XML scraper.
Utilizo este para parar emulation station, después pego el gamelist con winscp y por último, en vez de usar el comando reiniciar, uso el comando de apagar. Al encender de nuevo, los cambios siguen estando ahí.
Muchas gracias

@hammer esto deberia responder tu pregunta...
https://forum.recalbox.com/topic/8783/is-there-anyway-to-upgrade-from-v4-0-0-to-v4-0-2/

@zazosandes todo eso se informa aqui en el foro.