Buenas,
Gracias por la información pero esa opcion ya la tengo activada para que no los muestre, sin embargo hay sistemas como AppleII, Gameboy y mas que he eliminado sus roms y continuan viendose.
Al final para resolver el problema no solo he tenido que eliminar las roms a traves del interfaz de Recalbox Manager sino que he tenido que entrar en cada sistema y eliminar las subcarpetas que habia en ellos, que no se pueden eliminar desde el Manager
Gracias
Saludos