Ten铆a el mismo problema que t煤, me estaba volviendo loco, hasta que pude leer la soluci贸n en el foro en ingl茅s.
Para que el mapping de los botones se mantenga correctamente hay que conectar ambos mandos de forma exactamente igual en cada placa, que sean gemelos. Luego, enciendes la Raspberry s贸lo con un mando conectado, el que quieras que sea EL PLAYER 2. Lo configuras normalmente, y LUEGO conectas el que quieras que sea el player 1.No hace falta configurarlo porque lo reconoce como igual, y autom谩ticamente, por alguna raz贸n, guarda el segundo mando que conectas como el player uno.
Esa es la manera en que consegu铆 que no me mezclara la configuraci贸n de los botones cada vez que apagaba la consola, y que no me cambiara el jugador uno por el dos.
En caso de necesitar configurar cada mando, hazlo por separado, conectando uno por vez.
Espero que te sirva. Un saludo.