Hola. Yo tengo dos controles genéricos Bluetooth que cuando actualicé de la versión 8 a la 9 ya no eran reconocidos. A través del menú normal para vincular los controles no funciona.
Los vinculé a través del menú de "Configuración de audio" y le di a la opción "Vincular dispositivo de audio". Una vez se inicie la búsqueda y configures los controles para emparejarlos, estos aparecen en este menú. Aceptas y el control se vincula de forma automática (como era en la versión 8).
Ya estando vinculado el control, puedes reconfigurarlo en el menú de "Configuración de mandos".
A mi me funcionó de esta forma, sin embargo desconozco el por qué tiene este error el sistema.

@bichomen Como dejaste claro en la otra publicación, estás usando una imagen modificada, entonces, no será apoyado por el Foro.

https://forum.recalbox.com/topic/22999/recalbox-no-actualiza

@Bruney3 te recomiendo comprar un control tipo play station y no tendrás problemas.

@ChemaJuve ¿Cuál es tu versión de Recalbox? (diga la versión, no diga "la última")
¿Construiste tu Recalbox tú mismo, o compraste todo listo, o descargaste una imagen lista de Internet?

@catrxx141003
¿Cuál es su versión de Recalbox (diga la versión, no diga "la última")?
¿Cuál es tu hardware?
¿Construyó su Recalbox usted mismo, o descargó una imagen lista para usar de Internet, o compró todo listo?

o los compre se podían conectar sin problemas pero cuando les di mantenimiento a un control dejaron de conecta**e

Dice que dejó de funcionar cuando hizo el mantenimiento, ¿qué tipo de mantenimiento hizo?
¿Ha intentado reconfigurar en el menú Emulationstation?
¿Tiene archivos de configuración de control personalizados? (pueden estar en conflicto)
Si es posible, pruebe con una instalación limpia de Recalbox, sin modificar, y verifique si el problema persiste.

@nolocrema https://forum.recalbox.com/topic/9016/a-lire-manettes-n64?_=1598303064960

@paradadf Muchas gracias por responder, me pasa sólo en algunos juegos, basicamente en The Castle y Antartic Adventure.... Gracias !!

Bueno ya esta solucionado el problema;

El problema era la version de recalbox.
Actualizando a la version mas reciente, la 6.1.1, El problema se ha quitado y ya me deja lanzar los juegos como al principio, Espero que si a alguien mas le pasa le sirva esto.

Un saludo.

@TomiAldave NO HAGA SPAM:
https://forum.recalbox.com/topic/20674/no-me-funciona-los-2-controles-arcade

@Zing muchas gracias, parece que lo solucione activando el ERTM. Estuve probando por bastante tiempo y no me fallaron.

podria ser por la version, a veces no acepta todo las nuevas versiones, espero que soluciones el problema, saludos

@chuntin Debe haber modificado los controles en Retroarch, porque no tiene sentido dejar de funcionar si no ha habido ninguna modificación.
Una opción es ir a la configuración de control y elegir olvidar todos los controles, y después de eso, reasignar su joystick. Otra opción es, con la ayuda de un teclado, ingresar a la configuración de Retroarch y reasignar los joysticks allí. O reinstale RECALBOX, con una instalación limpia, desde cero, de la última versión oficial.

@jorgevete como solucionaste el problema?