@chuntin Debe haber modificado los controles en Retroarch, porque no tiene sentido dejar de funcionar si no ha habido ninguna modificación.
Una opción es ir a la configuración de control y elegir olvidar todos los controles, y después de eso, reasignar su joystick. Otra opción es, con la ayuda de un teclado, ingresar a la configuración de Retroarch y reasignar los joysticks allí. O reinstale RECALBOX, con una instalación limpia, desde cero, de la última versión oficial.