Hola David,
No se si actualizaste la ultima version del firmware de 8bitdo.
En su página oficial, tienen un software que permite actualizar la ultima version de los controladores, la cual salió hace bastante poco.
Eso me corrigió varios problemas, yo tambien tengo el 8bitdo snes pro.
Aunque igual, cada cierto tiempo y sin razon aparente, se desvinculan y tengo que volver a enlazarlos (lo que a veces lleva bastante tiempo porque no los reconocen facil).
En mi experiencia, yo apago con el safe shutdown sin problema y despues apago el control manteniendo START.
Esto me ocurria tambien en la 6.1.1
