Buenas tardes, ya esta solucionado, se actualizo la raspberry y he probado desde pc y cuando hago cualquier modificación en el archivo conf y reinicio sí que conserva las modificaciones que he realizado.
La verdad es que si hay diferencia, no es un cambio voluntario. De todas formas, en la futura version 4.1 se actualizaran los controladores de blueetooth (bluez) y eso probablemente mejore muchas cosas.
