@osmar-weyh Primeiramente, tente remapear os controles no Emulationstation, veja se há alguma alteração.
Veja se não é uma questão de configuração de driver no caso de controle de PS3, ou, veja se não é possível atualizar o firmware do seu controle, se for um 8bitdo.
Se não, você pode tentar restaurar para as configurações de fábrica, opção disponível no menu de configurações avançadas (você não perderá nenhum arquivo pessoal, mas perderá todas configurações personalizadas, como a configuração de wifi por exemplo). Depois de fazer isso, remapeie os controles.