@paradadf antes de leer tu mensaje venía a decir que había encontrado el problema.

Ibas bien encaminado.

En otro hilo comenté que por las interferencias del wifi y el teclado bluetooth a la hora de jugar, desactivé el wifi y así arreglé el problema del teclado.
Y ahora he comprobado que al activar otra vez el wifi se normaliza la información sobre el tiempo que ha pasado desde que he usado cada juego. Así que arreglado el problema, era una tontería.

No sabía que necesitas estar conectado a internet para que el tiempo del sistema sea correcto.

Gracias!

@ebraic-freezer Usted debe haber modificado alguna configuración sin querer, y al parecer no tiene idea de lo que hizo.
Haga copia de seguridad de sus ROM, BIOS, y SAVES, reinstala recalbox, haga una instalación limpia de la última versión oficial, y entre copie solo ROMS del SNES, no cambie nada, prueba.
Volva aquí y decir si funcionaba o no.

@zing Valeu amigo. Vou fazer os testes aqui.

As "bios" que tenho são a "NeoGeo.ZIP" e "Qsound.ZIP".

Fiz o download de um pacote de BIOS também...são vários arquivos.

Já inseri nas pastas das ROMs a bios do "Neo Geo" e do "Qsound".

O sistema eu instalei automaticamente quando fiz o boot do RPi3.
Ele oferece a opção de instalar uma série de programas...aí fiz a instalação do Recalbox.