Je continue à m'auto-répondre au cas où ça servirait à quelqu'un de passage qui se pose la même question 🤣

Je confirme que les émulateurs vont bien chercher les sauvegardes sur la carte SD, sur la partition SHARE, dans le répertoire /saves, d'où le fait que celles présentes sur mon stockage externe n'étaient pas détectées.

Je ne sais pas s'il existe un paramétrage pour basculer de l'un à l'autre, mais au moins j'ai ma réponse pour l'utilisation standard.

Finalement j'ai pu trouver la solution ici : https://forum.recalbox.com/topic/22341/ps1-save-format/4

Il faut aller dans les réglages rétroarch, puis sauvegardes et désactiver la compression des sauvegardes sram, puis sauvegarder les nouveaux réglages, quitter le jeu et le relancer.
La sauvegarde est remplacée par un fichier de 128ko que je peux ensuite utiliser.

J'espère que ça pourra aider des gens 👍