RESOLVIDO.
Tive que fazer umas manobras, mas consegui resolver. A solução foi formatar e particionar o SD usando o programa MDE- FREE. Eu criei uma partição de 25GB (não precisa ser exatamente esse tamanho, mas tem que ser um valor não muito alto). Depois baixei a versão do Recalbox 4.1.0 (Que é a versão na qual vc só copia os arquivos manualmente para o SD). Aí liguei no Raspberry, ele começou a instalar o Recalbox e expandiu automaticamente o tamanho total do SD para ser usado. E aí com o sistema funcionando eu executei o update pelo próprio menu do sistema e aí ele instalou a última verão do sistema e agora está tudo funcionando.