RESOLVIDO.
Tive que fazer umas manobras, mas consegui resolver. A solução foi formatar e particionar o SD usando o programa MDE- FREE. Eu criei uma partição de 25GB (não precisa ser exatamente esse tamanho, mas tem que ser um valor não muito alto). Depois baixei a versão do Recalbox 4.1.0 (Que é a versão na qual vc só copia os arquivos manualmente para o SD). Aí liguei no Raspberry, ele começou a instalar o Recalbox e expandiu automaticamente o tamanho total do SD para ser usado. E aí com o sistema funcionando eu executei o update pelo próprio menu do sistema e aí ele instalou a última verão do sistema e agora está tudo funcionando.

After installing the new version 6.0 I can no longer pair any control via Bluetooth, it only works by the cable.

RESOLVIDO.
Tive que fazer umas manobras, mas consegui resolver. A solução foi formatar e particionar o SD usando o programa MDE- FREE. Eu criei uma partição de 25GB (não precisa ser exatamente esse tamanho, mas tem que ser um valor não muito alto). Depois baixei a versão do Recalbox 4.1.0 (Que é a versão na qual vc só copia os arquivos manualmente para o SD). Aí liguei no Raspberry, ele começou a instalar o Recalbox e expandiu automaticamente o tamanho total do SD para ser usado. E aí com o sistema funcionando eu executei o update pelo próprio menu do sistema e aí ele instalou a última verão do sistema e agora está tudo funcionando.

@zing Mas tenho uma dúvida. Nessa formatação pelo windows aparece a opção de ext e NTFS, e o Recalbox não funciona só em FAt32?

Tentei todos os métodos e não vai. Formatei pelo SDFormat, ele formata normalmente pelo modo Quick (pelo modo Overwrite ele também da erro), depois tentei montar a imagem pelo Etcher, pelo Win32DiskImager e todos dão erro, diz que o dispositivo não pode ser acessado, sendo que o cartão está sendo reconhecido pelo Windows normalmente.
Será que é por ele ser muito grande? Por favor, me ajudem.

@zing Valeu amigo. Vou fazer os testes aqui.

Comprei um raspberry novo já com um cartão de 128GB, porém ele veio com um Recalbox mais antigo e modificado, então baixei a versão nova pra instalar do zero. porém não consigo, pois sempre dá erro. Realizo o processo usando o Etcher, mas no final da operação ele acusa um erro e não da certo.

@zing Sim, eu fiz a instalação limpa do zero. O controle é compatível, pois nos jogos e menus do sistema ele funciona corretamente.

I downloaded the latest Recalbox update (18.07.13), but I can not open the Retroarch menu and use the other shortcut commands (Save / Load state, take screenshot, change filters, etc ...). I already changed the hotkey from select to L3 and nothing. The only function that works is to exit the game (Hotkey + start). And due to this error I can not enter the Retroarch menu.
Another strange thing is that I choose a filter through the system menu (eg scannlines or retro), but when I enter the game it does not work either.
My device is Raspberry Pi 3.
Note: It is not the plus model.

Baixei a última atualização do Recalbox (18.07.13), porém não consigo abrir o menu do Retroarch e nem usar os outros comandos de atalho (Save/Load state, tirar screenshot, mudar filtros, etc...). Já mudei o hotkey de select pra L3 e nada. Única função que funciona é o de sair do jogo (Hotkey+start). E devido a esse erro não consigo entrar no menu do Retroarch.
Outra coisa estranha é que eu escolho um filtro pelo menu do sistema (por exemplo scannlines ou retro), mas quando entro no jogo não funciona também.
Meu aparelho é o Raspberry pi 3.
Obs: Não é o modelo plus.

Saberiam me dizer se essa nosa versão do recalbox está aceitando o controle do PS3 via bluetooth? pois o adaptador que eu usava antes não está sendo reconhecido.