@ffanime92 Olá!
Você seguiu as instruções do manual?
https://github.com/recalbox/recalbox-os/wiki/Manual-(PT)
Não há nenhuma dificuldade para configurar os controles, na maioria da vezes, basta plugar o controle USB, esperar alguns segundos, e apertar qualquer botão, automaticamente abrirá a “Configuração de controles”, pedindo para você segurar algum botão ou apertar ESC para cancelar. Segure qualquer botão, espere alguns segundos, e você será redirecionado para a configuração propriamente dita, siga as instruções, e no último botão, o ** HOTKEY **, recomenda-se utilizar o SELECT.

Além disso, ainda no emulationstation, você pode configurar para que o controle 1 seja algum controle em específico, recomendo você fazer isso já que está com problemas. As vezes, por você ter mexido tanto para conseguir configurar o teclado e o controle, você pode ter feito algo errado, e então é melhor refazer a configuração de controle corretamente, e especificar o controle 1 para evitar possíveis conflitos de configuração.

O emulador de N64 não é integrado com o Retroarch, e por isso acho que não dá pra configurar especificamente ele. Porém, a configuração que é feita no Emulationstation é a que esse emulador usa, então você não deveria ter nenhum problema. Se você fez uma instalação limpa, da última versão original do Recalbox (versões modificadas/imagens prontas podem apresentar problemas e o Fórum não da suporte por isso), não deveria haver problema...

@anderson-barrios Não parece ser o mesmo problema. O problema no tópico era uma atualização de sistema, que de certa forma afetou algumas funcionalidades do sistema. A solução era reinstalar a última versão do sistema, daí funcionava.
O seu problema é ao instalar a última versão do Recalbox, pelo que você disse. Aparentemente, o problema é que você não esperou o primeiro boot chegar até o fim. Ao gravar a imagem do Recalbox, no primeiro boot, ele demora muito mais que o normal, ele trava em uma tela preta, e é necessário esperar este processo até o final, pois nesse momento o sistema está criando a partição SHARE, que é onde ficam os dados de configuração, idioma, as ROMS e BIOS.
Teste reinstalar o sistema e esperar o primeiro boot até o final, lembrando que quanto maior a capacidade do pen drive/cartão SD, maior é a demora do primeiro boot.

bom eu n coloquei as bios huehe lkakkakaak será que e isso ? maiss as configurações do controle reseta tudo.....

eu estou com um problema quase assim, só que o meu não salva nada, coloco rooms configuro controle quando reinicio n salva nd :(

@rodrigo-teodoro Meu xará isto eu também acho um pouco chato na configuração dos controles. Se você errar ao apertar um botão que não deveria, tem que ir até o fim e voltar a configurar este controle.
O mais fácil é conectar outro controle para abrir o menu de configuração e na hora de pressionar uma tecla para detectar qual controle você quer configurar, usa o controle arcade.

Siga isso aqui:
https://github.com/recalbox/recalbox-os/wiki/GPIO-controllers-(EN)
não esqueça de verificar todas as ligações, verifique também o terra.
procure no youtube por digola ele tem um video que explica como configurar nessas placas zero delay

@j4b4 você está colocando as roms em que pasta? se for na pasta neogeo o arquivo neogeo.zip tem que constar lá também.

lembre-se que a versão do romset do FBA é 0.2.97.37

Leia isto: https://github.com/recalbox/recalbox-os/wiki/Add-system-bios-(EN)
e isto: https://github.com/recalbox/recalbox-os/wiki/Use-Neogeo-Unibios-(EN)
e também isto: https://github.com/recalbox/recalbox-os/wiki/Advanced-Arcade-on-Recalbox-(EN)