Ao contrário de distribuições clássicas Linux, o Recalbox é feito através do processo de buildroot(compilado e gerado imagem para sistema embarcado) e não instalado no topo de uma distribuição com gerenciador de pacotes. A não ser que você possua conhecimento o suficiente para gerar imagens do Recalbox, é melhor esperar por uma atualização vinda da própria comunidade.
A versão utilizada pelo Recalbox 4.1 é a 1.6.3. Para saber mais sobre as diferenças entre versões do retroarch, sugiro que você leia diretamente da fonte:
Retroarch 1.6.3
Retroarch 1.6.4
Retroarch 1.6.6
Retroarch 1.6.7
Atualize da 4.0.2 para a 4.1 que terá um salto significativo de versão do RetroArch.