Hola pero estas seguro que Megadrive te dara problemas?
Yo uso controles bluethooth de ps3, con lo que la configuracion por defecto es la de Snes (lo mismo ps1) pero para Megadrive no veo problema: para los Street Fighter 2 , Mk3 y UMk3 el propio juego te deja configurar los 6 botones y los dejas tal cual si fuera super nintendo, luego grabas como "savestate".
En Mk1 y 2 en cambio, tal como viene por defecto de todos modos queda casi igualito a como es el pad de 3 botones de megadrive: boton "cuadrado"( o "Y" de Snes) seria el "A " , boton "x"(o "B" de Snes) seria el B y boton "circulo"( A de Snes) seria el C. Y cubres con "START" con lo que se terminan jugando igual.
Otros juegos de pocos botones de Megadrive siguen este ultimo esquema.
Solo los SF y MK 3/ 3U podrian generar conflicto pero de por si esos juegos dan la opcion de configurar , en resumen mi consejo es que no te compliques
Un saludo
