@zing muito obrigado!

RESOLVIDO.
Tive que fazer umas manobras, mas consegui resolver. A solução foi formatar e particionar o SD usando o programa MDE- FREE. Eu criei uma partição de 25GB (não precisa ser exatamente esse tamanho, mas tem que ser um valor não muito alto). Depois baixei a versão do Recalbox 4.1.0 (Que é a versão na qual vc só copia os arquivos manualmente para o SD). Aí liguei no Raspberry, ele começou a instalar o Recalbox e expandiu automaticamente o tamanho total do SD para ser usado. E aí com o sistema funcionando eu executei o update pelo próprio menu do sistema e aí ele instalou a última verão do sistema e agora está tudo funcionando.

@tamiris-silva Pode ser problema no seu cartão.

Qual o Raspberry Pi 3 que você possui? o 3, ou o 3b+?

Qual arquivo de imagem você está baixando do site(nome dele)?

Consegui!!! Usei o Gparted para estender a partição cobrindo os outros 62Gb que não estavam alocados.

Pessoal, para quem interessar eu encontrei sozinho a resposta PARCIAL do problema.

Como eu nunca havia usado linux na vida, não sabia que o windows não lê todas as partições do cartão SD, criadas pelo Linux.

Assim, não é que a pasta /os está vazia, mas sim que o windows não deixa eu ver seu conteúdo. Se eu usar uma distro linux (o próprio raspbian que vem com o noobs já serve), eu consigo ver as partições e seu conteúdo.

O problema, agora, é que o raspbian diz que não tenho permissão para gravar nessas partições. O que é um saco, já que quero passar as roms direto pro cartão Sd.

É isso aí, espero ter ajudado quem tem o mesmo problema que eu, abraço

@rani-fábio desculpa, mas aqui não damos suporte a imagens prontas, entre em contato com quem fez para auxilia-lo.

sou totalmente contra essa prática, mas o que vc pode fazer é:

extrair dessa imagem a pasta roms e bios, para seu PC, pegue a imagem no repositório do recalbox http://archive.recalbox.com/updates/v1.0/unstable/ e depois copie a pasta roms e bios para dentro do seu recalbox.

Simples, fácil e indolor.

OBS: Não aconselho ninguém a colocar cartões de memoria grande para por roms nela, mais fácil, mais barato e mais viavel, colocar em um pendrive porque se der qualquer problema em seu recalbox, tuas roms estão lá sem quaisquer problemas.
eu mesmo tenho um HD de 1TB com todo o romset de quase todos os sistemas, exceto para sinclair, atari st (que ainda não organizei a romset) e do PSX que coloquei apenas os jogos que curti.

Abraços.