Bon... pour ceux que ça intéresse, j'ai trouvé un moyen.
Précision: je n'ai pas commandé le boîtier officiel, je l'ai imprimé moi-même. J'ignore donc si un kit de visserie plus pratique est livré avec l'original.
Ma solution:
Placer le rasperry (sans le RGB dual) au fond du boîtier. Le visser au fond du boîtier en utilisant les 2 trous du côté du port GPIO. J'ai vissé à même le plastique avec des petits vis pour disque dur, ça fonctionne pas mal sans trop forcer.
Ensuite installer le RGB Dual sur le RPI en veillant à bien aligner les entretoises. Attention, une fois les entretoises clipsées, il devient difficile de revenir en arrière. Le seul moyen d'enlever le RGB Dual est de pincer légèrement la partie visible des entretoise par le dessus afin de les dégager.
Malgré cela, il restait du jeu au niveau du connecteur Peritel, le Raspberry n'étant pas vissé de ce côté. J'ai résolu le problème en collant sur le dessus de la prise Peritel un morceau de plastique de +-1.5mm d'épaisseur avec du double face. Refermer ensuite le couvercle du boîtier, et le tout est parfaitement maintenu et très solide.
Seuls bémols: RPI vissé à même le plastique. Et RGB Dual difficile à récupérer une fois clipsé.