faut indiquer dans le recalbox.conf que pour certain emulateur tu utilises un fichier de config spécifique.
tu fais comme tu indiques, apres dans le recalbox tu mets une ligne
style :
fba_libretro.configfile=/path/to/my/configfile.cfg
avec le fichier cfg celui que retroarch t'as généré quand tu l'as configurer