Bonjour Benj!
Merci de ton intérêt pour mon projet!
Concernant la connectique des 2 manettes originales, voici ce que j'ai fait:
Dans le recalbox.conf, il faut activer les controleurs "gamecon" en mettant la ligne "controllers.gamecon.enabled" à 1 (Dans la section "D"). Tous les autres controleurs doivent être à 0.
Ensuite, et d'après le wiki, il faut mettre des valeurs à 1 dans "controllers.gamecon.args".
Rappel :
0 = no connection
1 = SNES pad
2 = NES pad
3 = Gamecube pad
6 = N64 pad
7 = PSX/PS2 pad
8 = PSX DDR controller
9 = SNES mouse
Dans mon cas, map=0,0,1,1 pour correspondre aux branchements physiques sur le GPIO
(map=<pad1/GPIO0>,<pad2/GPIO1>,<pad3/GPIO4>,<pad4/GPIO7>,<pad5/GPIO2>,<pad6/GPIO3>)
En francais, ça donne:
map=rien, rien,data manette snes 1 sur GPIO4,data manette SNES 2 sur GPIO7
Le code en entier:
Gamecon controllers
Enable gamecon controllers, for nes, snes psx (0,1)
controllers.gamecon.enabled=1
gamecon_args
controllers.gamecon.args=map=0,0,1,1
Côté manette, respecter ce schéma:

On voit sur cette photo que j'ai fait en sorte d'isoler chaque pin des manettes en coupant les pistes, j'ai fait ca pour les 2 manettes.

Ensuite j'ai soudé:
fil bleu = alim 3.3V (au lieu de 5V; mais ça fonctionne parfaitement)
fil violet = clock
fil gris = latch
fil blanc = data manette 1
fil jaune = data manette 2
fil noir = masse

Côté raspberry pi :
Rpi pin
P1-01 (3.3V) = fil bleu
GPIO10(clock) = fil violet
GPIO11(latch) = fil gris
GPIO04(data manette 1) = fil blanc
GPIO07(data manette 2) = fil jaune
P1-06 (GND) = fil noir
Une dernière petite image:

Voilà, avec tout ça tu devrais t'en sortir!