Il me semble y être arrivée. C'est dans /recalbox/share/saves/mame/mame2003/hi : il faut effacer les fichiers de high scores (un par jeu). J'ai redémarré emulationstation ensuite.
A noter, cela ne sert à rien de toucher au fichier /recalbox/share/bios/mame2003/hiscore.dat : celui est fixe, et permet à MAME de bien conserver les nouveaux high scores effectués.