@Homer @Substring

It really pitiful to see that Brazilians like to profit from other people's things.

ok, gracias.

Vale, acabo de encontrar una solución un poco hardcore pero funciona. Es reinstalando la versión de Recalbox.

Es decir, guardamos toda la carpeta Rom en nuestro pc y reiniciamos Recalbox. Cuando esté en la pantalla blanca de carga donde se ve el mando presionamos la tecla Shift. Ahí vendrá los "paquetes" de instalación. Seleccionamos el de Recalbox y le damos a instalar.

Básicamente lo que esto hace es reinstalar a la versión que tenías por primera vez. Cuando inicies el sistema guarda el mapeo del mando pero restablece el mapeo de mame.
Ahora sólo te queda volver a cargar Roms y Bios...