Vale, acabo de encontrar una solución un poco hardcore pero funciona. Es reinstalando la versión de Recalbox.
Es decir, guardamos toda la carpeta Rom en nuestro pc y reiniciamos Recalbox. Cuando esté en la pantalla blanca de carga donde se ve el mando presionamos la tecla Shift. Ahí vendrá los "paquetes" de instalación. Seleccionamos el de Recalbox y le damos a instalar.
Básicamente lo que esto hace es reinstalar a la versión que tenías por primera vez. Cuando inicies el sistema guarda el mapeo del mando pero restablece el mapeo de mame.
Ahora sólo te queda volver a cargar Roms y Bios...
