Gracias @pepe, ya lo he conseguido ejecutando estos comandos por ssh:

mount -o remount, rw /
cd /recalbox/system/resources/splash/
mv recalboxintro.mp4 recalboxintro.mp4.original
touch recalboxintro.mp4
mount -o remount, ro /

Ahí los dejo para quien les haga falta.

te recomiendo siempre hacer la instalacion de recalbox vos mismo, es decir, una instalacion limpia. solo asi sabras que ha sido modificado y que no! te ahorraras futuros dolores de cabeza! siempre poder respaldar los roms de cualquier otra imagen.

@paradadf, lo mirare gracias.