@kades ¿Cuál es tu hardware?
¿Cuál es su versión de Recalbox (diga la versión, no diga "la última")?
¿Configuró el sistema usted mismo, o descargó una imagen ya preparada de Internet, o compró todo listo?
¿Qué configuración avanzada del emulador cambió?

@mriffo79 ¿Has leído el manual?
https://github.com/recalbox/recalbox-os/wiki/Manual-(EN)#es-settings-games
Cambia el aspecto ratio y desactiva el pixel perfecto, si no funciona, entra en el menú del emulador con hotkey + b dentro de algún juego, e intenta configurar por allí.

@bastian-canales Leer este artículo: https://github.com/recalbox/recalbox-os/wiki/N64-:-return-to-ES-(EN)
Recomiendo probar las opciones que el artículo explica, recordando que todas las opciones que ha cambiado, también afectan al tamaño de la pantalla.

yo utilizo applepi-baker, es una herramienta para mac. Si utilizas windows no te puedo ayudar.

No parece tener solución desde Recalbox, yo agarro el mando a distancia de la TV y pongo 4:3 desde ahí, a mi se me ven todos en 16:9.

@pablo-toasa

Te tocará tocar el ratio de tu TV. Es la única solución.

te recomiendo siempre hacer la instalacion de recalbox vos mismo, es decir, una instalacion limpia. solo asi sabras que ha sido modificado y que no! te ahorraras futuros dolores de cabeza! siempre poder respaldar los roms de cualquier otra imagen.