Salut @substring ,
Alors pour commencer, tous mes tests sont fait avec mon kit arcade Xin-Mo (2 joysticks / 18 boutons) et mes manettes SNES. Pour trouver une solution viable, je suis partit d'une installe fraiche, histoire de préserver la vraie config de ma borne !.. 
Depuis la 4.1 et donc depuis le changement de version de Retroarch, il y a "pas mal" de jeux où la direction (haut/bas/gauche/droite) ne fonctionne plus, que se soit avec mes manettes sans sticks analogiques (SNES) ou mon kit Xin-Mo. Exemple, ChaseHQ, Enduro, Hang-On, Outrun..
Lorsque l'on regarde les fichiers de config en détail, on s’aperçoit que le joystick ou la croix directionnelle de ma manette sont configurés dans le fichier de config pour Retroarch en tant que Dpad et seulement Dpad (même paramétrage que Recalbox en faite). Cependant, je ne sais pas pourquoi, certain jeux ne fonctionnent pas avec cette config, il leurs faut un stick analogique de paramétré. Exemple, sans rien faire, les jeux pré-cités fonctionnent d'office si l'on y joue avec une manette PS3.
Donc effectivement, comme tu l'as dit plus haut, ma manip consiste à paramétrer le joystick en tant que Dpad mais également en tant que stick analogique gauche puis droit (dans le doute..). Si tu fais :
- Settings / Input / Input user 1 binds
- Settings / Input / Input user 1 binds > User 1 bind all (bien paramétrer jusqu'au bout..)
- Settings / Input / Input user 1 binds > User 1 save autoconfig
- Resume
Ça va fonctionner mais juste le temps du jeu, prochain reboot de retroarch, même soucis. Pour le moment la seule solution viable que j'ai trouvé c'est l'autoconfig en rajoutant aux lignes précédentes :
- Settings / User interface / Show advanced settings => ON !
- Settings / Configuration / Save configuration on exit => ON !
- Settings / Input / Autoconfig enable => ON !
Pour le moment c'est la seule solution que j'ai trouvé qui est 100% fonctionnelle. Mais je continu mes recherches ! XD
fba_libretro.configfile=.....cfg, c'est dans quel fichier que je fasse des essais ?
Si tu as des pistes, n'hésite pas ! Je débute en config RetroArch / RecalBox ! 
++