Inzwischen bin ich da schon ein gutes Stück weiter.
Die perfekte Lösung habe ich noch nicht gefunden, aber so wie es jetzt ist, kann ich ganz gut mit leben.
Ich habe alle IPF Dateien entpackt in einem Verzeichnis liegend. Dann habe ich den Screenscraper benutzt, der alles gescraped hat. Damit ich nicht ein Spiel, welches 8 Disketten besitzt nun 8x in der REcalbox angezeigt bekomme, habe ich mir ein kleines Programm geschrieben, welches die gamelist.xml danach aufräumt und sämtliche doppelte Einträge versteckt und den Favorites Flag entfernt (da es sonst trotz "versteckt" noch immer angezeigt wird.
Jetzt sieht es schon ganz gut aus :). Schade, dass es von Recalbox selbst nicht irgendwie eine bessere Möglichkeit gibt.