@Zing Obrigado pelo apoio 🙂
Mas para deixar registrado, eu consegui aqui achar o problema depois de fazer vários testes e diversas pesquisas, não sobre o assunto, pois não tem nada semelhante...
Bem, para ter a funcionalidade do controlador para o Libreto, terá que fazer o mapeamento do controle dentro do Retroarch e salvar para que o mesmo crie o arquivo de mapeamento .cfg dentro da pasta: "\share\system.config\retroarch\autoconfig", pois o parâmetro "n64.configfile=whatever" cancela toda a configuração do Libreto.
Obs: Quando digo "toda configuração" não é só o controlador, mas tudo mesmo (parâmetros de vídeo, etc). Tem que refazer tudo pelo Retroarch tb.
A documentação do libreto no link abaixo explica como fazer a configuração do controlador:
https://docs.libretro.com/guides/joypad-autoconfiguration/#metadata
Ah, e detalhe, se quiser habilitar os botões de atalho, terá que editar na "unha" o arquivo .cfg lá na pasta "...\autoconfig"