Los archivos Rom deben tener una extensión ".iso / .img / .pbp / .cue / .ccd / .cbn / .m3u / .chd".
Los archivos .bin necesitan un archivo .cue para inicia**e.
Ya dí con la solución.
El problema es que para introducir archivos en la carpeta share_init hace falta tener habilitados permisos de escritura, ejecutando el siguiente comando pude introducir nuevos archivos de shaders:
mount -o remount,rw /