@lopapa si psx las tenes en eboot.pbp debes tener el nombre original del rom. Edita tus eboot por el nombre correcto y volve a hacer el scrape. Lo unico que si... en el caso de psx tenes que hacer el scrape con la penultima version del UXS (sin contar la version de Retropie), porque la ultima version no añade el hash md5 automaticamente. Sin eso no sirve.
Ahora respecto a tu problema de las jpg's y png's... por fin entiendo que es lo que estas haciendo y donde esta tu error. La cosa es muy simple. Tenes que detener emulationstation antes de reemplazar el archivo gamelist.xml. Si bien editaste un comentario anterior añadiendo que cerras el frontend, es decir, la interfaz de ES, no lo debes estar haciendo bien. La unica forma de que no se guarden los cambios al archivo xml es si lo intentas editar de manera externa (por medio de winscp o putty, como ejemplo) sin haber cerrado ES con el comando /etc/init.d/S31emulationstation stop
No existe otra razon. O sea que antes de modificar el archivo xml, cerra bien ES