C'est bon j'ai fini par y arriver.
Pour ceux qui n'y arrive pas:
Une fois le correctif installé, il faut modifier le fichier recalbox.conf pour activer les GPIO:
controllers.gpio.enabled=1
Et dé-commenté la ligne pour activer les custom GPIO:
controllers.gpio.args=map=0x20,0x21,5,6 gpio=4,17,27,22,5,6,12,24,23,18,15,14 (ici j'ai mis les pin 5, 6 et 12 pour Start, Select et B)
Toutes les autres lignes de la partie "controllers GPIO" sont commenté (avec ##)
Tout à l'air de fonctionner correctement. Sauf pour un petit bug, quand je press la touche Start, c'est comme ci je pressais aussi la touche bas, alors qu'elle n'est pas connecté.