gamecube.configfile=dummy
wii.configfile=dummy
Then load any Wii or GameCube game and then exit with the keyboard by pressing ALT+F4
In the Dolphin menu go to “Options” and “Hotkey Settings”
Select your game controller and configure, if not, the shortcut buttons.
Close everything and exit Dolphin
Ready now the settings you defined in Dolphin will be recorded and will no longer be reset.
@Zing Obrigado pelo apoio 
Mas para deixar registrado, eu consegui aqui achar o problema depois de fazer vários testes e diversas pesquisas, não sobre o assunto, pois não tem nada semelhante...
Bem, para ter a funcionalidade do controlador para o Libreto, terá que fazer o mapeamento do controle dentro do Retroarch e salvar para que o mesmo crie o arquivo de mapeamento .cfg dentro da pasta: "\share\system.config\retroarch\autoconfig", pois o parâmetro "n64.configfile=whatever" cancela toda a configuração do Libreto.
Obs: Quando digo "toda configuração" não é só o controlador, mas tudo mesmo (parâmetros de vídeo, etc). Tem que refazer tudo pelo Retroarch tb.
A documentação do libreto no link abaixo explica como fazer a configuração do controlador:
https://docs.libretro.com/guides/joypad-autoconfiguration/#metadata
Ah, e detalhe, se quiser habilitar os botões de atalho, terá que editar na "unha" o arquivo .cfg lá na pasta "...\autoconfig"
@zing Muito obrigado por suas considerações, opinião e boa vontade Isso me ajudará a tomar as decisões aqui. Valeu mesmo!
I have the same inconvenience here... I had to go back to version 7.2.2, because the 8.x versions are giving a lot of problems on the raspberry Pi3B. And even leaving the check for updates disabled, the message keeps getting in the way. How to stop it from appearing...?!
@Zing Obrigado pela resposta Zing e pela orientação . Vou esperar então a próxima atualização com as correções de erros
Estava tentando buscar o logo da placa Sega Model 2 para poder personalizar aqui no meu Recalbox, mas não encontrei em lugar nenhum no formato SVG. Portanto resolvi recriá-lo eu mesmo. Compartilho com vcs aqui. Espero que seja útil.
https://mega.nz/file/14kHEaxJ#rqKrIYTg-ULckEsb45ZZLJmE2LOUMS5wLJ8hX9ckgNg
@cleberjorge Solução provisória para que não ocorra o travamento do jogo ao sair do Retroarch se encontra em outro poste neste link aqui:
https://forum.recalbox.com/topic/26171/rpi3-and-recalbox-8-0-2-freeze-solution
Obs: Isso funcionou para mim usando a placa Raspberry Pi3B/B+. Se vc tiver rodando o Recalbox em outro tipo de hardware pode ser que não funcione.