C'est bon, ça marche! Apres tentative d'execution du script via putty, je me suis aperçu que notepad++ m'avait rajouté des caractères spéciaux bizarres a la fin de chaque ligne. Après un nettoyage via nano, tout va bien, je peux donc profiter de mes deux clés!
Donc pour ceux que ça intéresse, le script ci dessus est valide, il suffit de faire le bon mapping avec les répertoires de roms qui vous intéresse et qui sont sur vos clés.
A priori, ca devrait aussi marcher si on boot en INTERNAL avec des roms sur la SD, histoire de panacher SD et USB.
La vie est belle! un grand merci à tous ceux qui m'ont fourni de l'aide et en particulier au grand Substring!