@fredcsn Olha, se você conseguiu rodar em GPT então não é isso que virá a dar problema (vejo que me confundi na informação que te passei, não é que GPT é suportado apenas pelo Windows, é que no Windows, apenas as versões de 64 bits aceitam esse tipo de partição).
É mais provável você ter problemas com o Windows do que com o Recalbox, pois o Windows que é mais "travado" em termos de relacionamento com outros Sistemas operacionais. Um dos problemas que já vi em rodar Linux e Windows em dual boot é a hora do Windows ficar errada após usar o Linux.
Pelos desenvolvedores, até onde eu sei, não recomendam fazer o dual boot do recalbox com o Windows no mesmo HD, nunca vi especificarem que partição GPT é o problema (e o Linux é mais compatível de forma geral).
Então, o que posso te dizer é que indiferente da partição, não é recomendado o dual boot com o Windows no mesmo HD, pois, pode dar alguma incompatibilidade devido ao sistema de arquivos ser diferente, porém, são apenas possibilidades, não é certo que vai dar problema. Entretanto, se der problema, é um risco que você esta ciente...
MAS, se está rodando tranquilo, e você não tem outra opção, deixa assim e veja no que vai dar.