Por si a alguna otra persona le ocurre.
Ya pude corregirlo, solo habilité el Overscan desde el Menu de Recalbox, y al reiniciar ya funcionaba perfecto.

Muchas gracias !

@ebsigma creo que en la carpeta principal de cada tema.

@Pepe que bueno que pudiste solucionar tu problema.

@Pepe Vale, pues creo que has dado en el clavo. Ha sido una mala interpretación del tamaño del bloque tal y como has comentado, sumado a una mala interpretación de como muestra el espacio disponible recalbox (que lo muestra como disponible pero en realidad muestra el % de tamaño utilizado). Muchísimas gracias por tu tiempo, porque ya me estaba volviendo loco con el tema. Un saludo.

@robertobox no abras dos hilos preguntando lo mismo.

https://forum.recalbox.com/topic/6656/recalbox-para-pc-no-caben-roms

Hay un tutorial en portugues un youtube (totalmente entendible) que explican lo que estan pidiendo mas arriba. Es decir, primero agarra el romset 0.78 y usando clrmamepro hace un rebuild con todas las roms mergeadas, con esto reduce el tamaño del romset y divide las que va a utilizar en mame y las que va a utilizar en fba_libretro. Luego, a traves de un script batch para windows, filtra la lista de roms y deja unicamente las que estan listadas en el documento "BestArcade4Recalbox".

Dejo el link del video: Limpieza de Romset 0.78 Para Recalbox