Je m'auto-réponds, ayant reproduit le problème ce weekend, pour les archives au cas où d'autres seraient dans le même cas (screenshots qui ne fonctionnent plus).
J'avais pété mon retroarchcustom.cfg , le dossier des screenshots était plus bon, donc forcément, ca marche moins bien ^^
Donc si ça arrive, on l'efface, et on relance un jeu, que Recalbox le re-génère. Et c'est reparti comme en 40 !