Gracias @pepe, ya lo he conseguido ejecutando estos comandos por ssh:
mount -o remount, rw /
cd /recalbox/system/resources/splash/
mv recalboxintro.mp4 recalboxintro.mp4.original
touch recalboxintro.mp4
mount -o remount, ro /
Ahí los dejo para quien les haga falta.
