Hello!

Just a brief update, as I solved it by simply removing everything from my GPIO ports, and wiring my arcade buttons to a

Zero Delay Arcade USB Encoder

– which then connects to the RPi's USB ports.

All good now! Thank you, and keep it up!
Fabian

@TERRORBOGARD Por favor, no SPAM:
https://forum.recalbox.com/topic/23357/fatal-fury-wild-ambition-psx-problem

Bueno, pues me respondo yo mismo, porque he encontrado una solución. Lo pongo por si a alguien más le pasa este problema.
Resulta que el DiskInternals no leía bien la partición recalbox/share, así que lo que he hecho es arrancar el ordenador con un sistema Linux con un Live CD (en este caso Ubuntu) y al meter la tarjeta me la reconoció a la primera y ahí estaban todos los archivos. Así que pude hacer una copia en otro disco externo y ya puedo formatear y reinstalar Recalbox sin problema.