Recomendo iniciar uma instalação limpa da última versão do Recalbox, configurar o controle, e verificar se o problema persiste. Alguns problemas podem (não necessariamente) acontecer durante alguma atualização, e muitas vezes uma simples instalação limpa da última versão já resolve o problema.

@Rena tem que editar o arquivo gamelist.xml de cada emulador.