Hola gracias por vuestras respuestas, la micro sd la he formateado a fat32 para instalar la imagen pero no se porque no se guardan los cambios cuando meto un juego y reinicio el sistema, he comprado otra tarjeta porque creo que esta me va a seguir dando problemas, de todos modos mirare a ver si hay alguna carpeta que le pueda cambiar los cambios para que sea tambien modo escritura.
Saludos.

@Rena tem que editar o arquivo gamelist.xml de cada emulador.