Reinstalei o sistema e coloquei praticamente a mesma quantidade de ROMs que estava antes, mas o problema persistiu.
Após muita pesquisa e troca de experiências com pessoas mais experientes com Recalbox consegui encontrar a origem do problema e saná-lo, o problema era causado por duas coisas:
- GameList.xml do Mame, ele sempre acabava duplicando as informações das ROMs que tenho no Mame, fazendo com que o arquivo GameList ficasse muito pesado (+- 9MB), gerando lentidão no desligamento e reinicialização do sistema, tive que corrigir o arquivo em questão.
- Imagens dos jogos do Mame com formato .JPG, fazendo-se necessário alterar todas para .PNG.
Feito essas duas coisas o sistema está redondinho reiniciando e desligando em questão de segundos. Fica a dica para quem tiver o mesmo problema.