Al final, las ansias me han podido y he hecho backup de las roms, portadas scrapeadas y configuraciones de cada emulador y he formateado la SD y reinstalado Recalbox.

Tomo nota (y cualquiera que lea esto también debería tenerlo en cuenta) de la imposibilidad de meter roms con caracteres 'poco usuales' en Recalbox.

Gracias a todos por las respuestas!