J'ai eu le même soucis sur une installation neuve.
Ecriture de l'ISO sur la carte SD,
configuration des partages SMB sur le NAS avec Putty,
et le reste de la configuration via l'interface Web (nom de la box, les wifis shaders and co, jeux parsés only),
j'upload les Bios via l'interface,
reboot et hop je retombe sur l'image d'origine.
Les shares sont dans la config mais pas lu, et tous les autres settings sont à zero.
Les settings n'ont pas été paumés qu'au 5e cycle de configuration et reboot. Et là tout a fonctionné normalement.