Salut @CrazyRex !
Pour les manettes, il existe des clones chinois des dualshock 3 et l'ensemble des retours sur le forum sont positifs. Fais une recherche sur le forum, tu trouveras des sujets qui en parlent.
Pour les difficultés que tu rencontres, sache que le pi a été conçu justement pour apprendre l'informatique. Tu vas effectivement devoir faire plus d'efforts qu'avec une solution clé en main du genre nes mini, mais du coup tu vas apprendre et en ressortir plus érudit qu'avant. Avec à la clé la satisfaction et la fierté d'avoir monté un système performant, qui offre plus de possibilités et de l'avoir fait toi même. Cela dit, recalbox demande bien moins d'investissement et de connaissances que nombre de projets, similaires ou non, sur raspberry pi.
Reste curieux, continue à apprendre et profites bien !