@anthone32 cette image va t'aider:

Donc a priori, d'après cette image, et la section 2.1 Manettes NES / SNES de la page https://github.com/recalbox/recalbox-os/wiki/Contrôleur-Gamecon-(FR)
tu devrais câbler comme suit:
blanc --> pin 1 du GPIO (tout en haut à gauche)
bleu --> pin 19 du GPIO
jaune --> pin 23 du GPIO
rouge --> pin 7 du GPIO (et dans ton fichier conf, tu indiqueras que la manette 1 de la SNES => map=0,0,1,0 car ici j'ai choisi de brancher la data sur le GPIO 4, soit le pin 7, et donc, d'après https://github.com/recalbox/recalbox-os/wiki/Contrôleur-Gamecon-(FR) section 3.1 bah c'est ça^^ )
marron --> pin 6 du GPIO
... J'espère que c'est clair lol
PS: attention: il faut faire des entailles sur la PCB du port manettes de la SNES car il y a contacts entre les boutons... regarde le post de Le Gui: https://forum.recalbox.com/topic/2677/super-nes-by-le-gui et notamment cette image: 
De toute façon, jette un oeil à ce post, il explique vraiment bien le tout.