Pour information, il y a un petit hack qui fonctionne chez moi en attendant une résolution du problème.
Pour un jeu ALG (comme Mad Dog par exemple), créé un répertoire ALG.daphne en dessous de roms/daphne puis un répertoire du nom du jeu (ex: maddog) et recopie-y le contenu du jeu (ce que tu as dans maddog.daphne).
Il faut aussi que le répertoire singe existe en dessous de daphne, mais il peut être vide.
Donc, au final:
roms/daphne/ALG.daphne/maddog/...
roms/daphne/singe
(pour que ca reste propre visuellement, cache ensuite ALG via l'interface)
Voilà, c'est pas génial, mais en attendant mieux, ça fait le job.