Bueno, pues de forma casual, he encontrado la solución a este problema. La pongo por si alguien se encuentra con el mismo problema:
Es tan sencillo como abrir menu Retroarch con Hotkey+B, entrar en Controles y asignarDevice Type para User 2 como "Sinclair Keyboard" . En el User1 poner "Cursor Joystick" si no está ya puesto.
Con esto, ya vuelve a funcionar el teclado. ¡Un saludo!