@chacaloute je m'auto-réponds, le problème est résolu.
En me connectant en SSH, j'ai trouvé le path des jeux pré-installés, pour supprimer les ROMs "Ports" à la source, ainsi, ils ne peuvent plus être réinstallés au redémarrage.
En SSH :
mount -o remount,rw / rm -fr /recalbox/share_init/roms/ports/*
