Já tentou a opção de "esquecer os dispositivos pareados" e tentar parear de novo? Só lembre que isso vai apagar todos os controles que você já conectou e configurou e se você estiver usando o Recalbox no Raspberry assim como eu, precisará conectar um teclado depois pra acessar os menus e conseguir parear outro controle. Se o layout do teclado for americano no Emulation Station use Enter: Abre menu principal e A/S: Confirma/Cancela.

Tente apertar dois botões. Aperte um e depois o outro e segure os dois. Você já se dá certo.