J'ai sensiblement le meme soucis.
Je configure mes 2 joueurs, joystick et bouton, tout fonctionne.
Mais si je vais dans un jeu et ressort, ou si je redémarre recalbox, sur un des joueurs tout est inversé, les bouton du haut sont en bas, et les joystick font l'inverse, mais que sur un joueur
voila mon system https://www.amazon.fr/gp/product/B06WWRKGGD/ref=ppx_yo_dt_b_asin_title_o02_s00?ie=UTF8&psc=1