@f0xhound por si acaso, este problema ya fue reportado a libretro y en teoria existe una forma de hacerlo funcionar, pero el desarrollador no se si lo implemento o simplemente no escribio el tutorial.

https://github.com/libretro/snes9x/issues/85

Actualizacion: Parece que si se “corrigio”, pero no completamente. Mira los comentarios en:
https://github.com/libretro/snes9x/pull/160